[Mizuno Uchiha]

Realia gry trzymają się mangi Naruto do momentu masakry na klanie Uchiha która z oczywistych względów nie mogła mieć miejsca. Itachi Uchiha zabijając swojego najlepszego przyjaciela odszedł z wioski i dołączył do Akatsuki stając się typową złą postacią (Nie jak to ma miejsce w Naruto iż chciał on chronić brata). Tu wydarzenia znów splatają się z mangą. Czyli czasy dzieciństwa głównych bohaterów, pierwsze kroki na drodze shinobi oraz egzamin na chuunina i zdradziecki plan Orochimaru. walka w dolinie końca. I tu wydarzenia znów odbiegają od tych pokazanych w Naruto. Sasuke podejmując trening u Orochimaru zostaje wcielony do drużyny zwanej Hebi (Nie jak to miało miejsce w mandze po wchłonięciu wężowego sannina) Jako elitarną jednostkę wioski dźwięku składającą się tak jak już nas manga przyzwyczaiła z Karin, Jugo i Suigetsu. Pod skrzydłami Orochimaru młody Uchiha zyskuje siły i umiejętności. Orochimaru nie decyduje się wchłonąć Sasuke z powodu tego iż chłopak wciąż może się rozwijać. Sabaku no Gaara zostaje Kazekage lecz niedługo po tym porywają go Akatsuki (znów nawiązanie do mangi). Drużyna z Konohy nawiązuje walkę z członkami Akatsuki. Deidara i Sasori cudem wychodzą z opresji wykonując swój cel jakim było wyciągnięcie Bjiuu z Gaary. Dzięki poświęceniu czcigodnej Chiyo, Kazekage Gaara odzyskuje życie lecz ona ginie. Walka między Kakuzu i Hidanem a drużynami nie dochodzi. Jiraiya ginąc z ręki Peina swą ostatnią wiadomością do Konohy iż wierzy że Naruto jest wybrańcem tym samym otwierając mu możliwość nauczenia się posługiwania się Sage Mode. Konoha zostaje zaatakowana przez Peina który w poszukiwaniu dwóch jinchuuriki przebywających w wiosce liścia planował zniszczyć ją doszczętnie. Nie udało mu się to dzięki poświęceniu Hiro (Kage wioski skały). Tsunade zmarła w wyniku ataku na szpital Konohy. Hokage został Hatake Kakashi. Po tych wydarzeniach Akatsuki rozpoczęło swój plan niszcząc wioskę po wiosce. Wszystko było by stracone gdyby nie zjednoczenie się całego świata shinobi przeciwko złu jakim była ta organizacja i przeciwstawienie się im. Niestety nie udało obronić się reszty wiosek, przetrwała jedynie Konoha która stałą się schronieniem wszystkich uchodźców ze zniszczonych wiosek. Akatsuki poniosło dotkliwe straty podczas wojny. Madara Uchiha ujawnił swoje istnienie. Podczas kontrataku wszystkie bjiuu zebrane przez Brzask zostały uwolnione. Sasuke wraz z całą drużyną zdradził Orochimaru i dołączył do Akatsuki z zamiarem zniszczenia całej Konohy. Na gruzach starego świata powstają nowe wioski.

Aktualny skład Akatsuki:
- Madara Uchiha
- Pein
- Hoshigaki Kisame
- Sasuke Uchiha
- Suigetsu Hōzuk
- Juugo
- Karin
- Zetsu
- Hidan
- Kakuzu
- Deidara